O Centro Universitário Franciscano pertence à Congregação das Irmãs Franciscanas, fundada na Holanda, em 1835, inspirada no ideal, na regra de vida e na espiritualidade de São Francisco de Assis. As Irmãs Franciscanas, desde sua chegada ao Rio Grande do Sul (1872), atuaram na área educacional. E, no início do século XX, fundaram a sua primeira escola em Santa Maria - o Colégio Sant´Anna. Depois de 50 anos de educação básica, expandiram a atuação para o ensino superior, criando, em 1955, duas instituições: a Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras Imaculada Conceição - FIC e a Faculdade de Enfermagem Nossa Senhora Medianeira - FACEM.

Em 1996, a FIC e a FACEM transformaram-se em Faculdades Franciscanas - FAFRA, o que trouxe muitos benefícios, como um melhor aproveitamento dos recursos humanos e materiais; de ampliação do espaço físico, e também maior integração nas diversas áreas do conhecimento, propiciando o crescimento qualitativo da instituição. No final de 1998, a transformação em CENTRO UNIVERSITÁRIO FRANCISCANO - UNIFRA, o que constituiu um significativo incremento nas atividades de ensino, pesquisa e extensão e garantiu maior autonomia acadêmica.
A instituição foi recredenciada pela Portaria nº 1.564, de 27/05/2004, do Ministro de Estado da Educação, Tarso Genro, publicada no Diário Oficial da União em 31/05/2004.

A UNIFRA, nesse contexto, representa uma caminhada de meio século de experiência em ensino superior. Sempre comprometida com as questões educacionais procura, coerente com a concepção institucional, desenvolver a produção e divulgação do conhecimento, a promoção da cultura e contribuir para o desenvolvimento técnico-científico e social, em consonância com a filosofia franciscana.